Séquençage du génome de la tomate

Des scientifiques du Laboratoire de Génie Génomique et Biotechnologie des Fruits (GBF : INP-ENSAT / INRA), sous la direction du Pr. Mondher Bouzayen, en collaboration avec leurs homologues du Tomato Genome consortium (TGC), viennent d’achever le séquençage du génome de la tomate.

Le déchiffrage de la séquence complète du génome de la tomate fournit une connaissance précise des régions fonctionnelles, révélant l’ordre, l’orientation, les types et les positions des 35000 gènes.

Cette avancée va permettre d’accélérer les recherches pour l’amélioration variétale de la tomate et d’en réduire les coûts. La connaissance de la séquence complète du génome de la tomate ouvre de nouvelles perspectives pour améliorer ses qualités nutritionnelles et sensorielles et accroître sa capacité de résistance aux insectes nuisibles, à la sècheresse et aux maladies. Ainsi, les scientifiques pourront déterminer les liens entre gènes et caractères et mieux comprendre comment l’interaction des facteurs génétiques et environnementaux détermine la santé et la viabilité des cultures. Les retombées scientifiques devraient être extrêmement importantes puisque la tomate est le fruit « modèle » dans l’étude des solanacées.

« En fait, sur le plan botanique, la tomate est un fruit. Les généticiens la considèrent même comme le cobaye de tous les fruits charnus (pomme, pêche, prune…) », explique le Pr. Mondher Bouzayen, Directeur du Laboratoire GBF, à Toulouse. Pour rappel, cette famille (tomate, poivron, pomme de terre, aubergine…) représente la deuxième ressource alimentaire mondiale (FAO). Par ailleurs, elle est aussi une source importante d’épices et d’essences médicamenteuses.

La connaissance de la séquence du génome de la tomate et celle de son parent Solanum pimpinellifolium apportent aussi un nouvel éclairage sur les mécanismes qui ont permis la diversification de cette espèce au cours de l’évolution et son adaptation à de nouveaux environnements. L’information acquise par le déchiffrage de la séquence montre ainsi que le génome de la tomate a subi une expansion brutale il y a environ 60 millions d’années, période coïncidant avec celle de l’extinction massive d’espèces sur la terre. Si la plupart des gènes issus de ces évènements de duplication ont été perdus,
plusieurs persistent encore aujourd’hui et on note avec intérêt qu’ils contrôlent certains des caractères les plus importants chez la tomate comme l’accumulation de pigments et d’antioxydants au cours de la maturation des fruits.

Ces travaux ont permis, grâce à l’équipe de l’unité INPENSAT/INRA, la mise au point d’une nouvelle technique de séquençage 500 fois plus rapide que les techniques classiques. Cette équipe peut également être félicitée pour s’être occupée de séquencer l’intégralité du chromosome 7 (sur les 12 paires existantes, soit plus de 35000 gènes). La publication de son génome, va permettre de réaliser des avancées considérables en matière de création variétale pour un grand nombre d’espèces végétales.

Félicitations à tous les chercheurs pour cette découverte scientifique exceptionnelle, qui a connu un nombre impressionnant de retombées presse nationale mais aussi internationale !
Pour tout savoir sur l’ADN de la tomate et ses 35000 gènes : http://solgenomics.net

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